元謀是人類的發(fā)源地之一。170萬(wàn)年前的“元謀人”是我國(guó)迄今最早的人類。“元謀人”的重大發(fā)現(xiàn)，把我國(guó)人類歷史向前推進(jìn)了100多萬(wàn)年；150～350萬(wàn)年的元謀“龍川冰期”是迄今我國(guó)境內(nèi)最早的冰期，元謀“龍川冰期”的重大發(fā)現(xiàn)，把我國(guó)第四紀(jì)地質(zhì)歷史向前推進(jìn)了200多萬(wàn)年；從元謀盆地發(fā)現(xiàn)800萬(wàn)年～600萬(wàn)年的小河臘瑪古猿、再到400萬(wàn)年～250萬(wàn)年前的竹棚“東方人”～170萬(wàn)年前的“元謀人”，向世人展示了人類從猿到人的一條完整進(jìn)化鏈條，破解了東方人類起源之謎，確立了“元謀人”是東方早期人類發(fā)祥地的地位。從元謀盆地第四紀(jì)冰川遺跡古地質(zhì)、古地層大量發(fā)現(xiàn)和發(fā)掘出土的古生物、古人類等綜合考古科學(xué)研究表明，170萬(wàn)年前的遠(yuǎn)古先民“元謀人”就是在這里繁衍生息，并從這里穿過(guò)金沙江，跨過(guò)雅礱江、岷江、大渡河北上，與川東“巫山人”、陜西“藍(lán)田人”、周口店“北京人”等古人類相互混血而成為中華民族的遠(yuǎn)古先民，給元謀這塊古老而神奇的土地烙上了不可磨滅的“中華文明之根”和“東方文明之源”的歷史印記。

元謀盆地，不僅發(fā)現(xiàn)了我國(guó)最早的原始人類化石及其文化遺物和最早的第四紀(jì)地質(zhì)遺跡、地層剖面，以及舊石器時(shí)代晚期文化遺址，還首次發(fā)現(xiàn)了云南細(xì)石器（中石器）文化遺存，填補(bǔ)了舊石器到新石器的歷史空白和演化鏈條。同時(shí)，元謀盆地還發(fā)現(xiàn)了長(zhǎng)江上游原始社會(huì)晚期具有代表性的大墩子新石器文化遺址，發(fā)掘出土了805件生產(chǎn)用具和生活用具，伴隨出土了大量的谷類碳化物和麥類粉末和1300多件狗、豬、牛、羊、雞、兔等動(dòng)物骨骼，以及民居建筑遺存房基15座、火塘7個(gè)、窯穴4個(gè)、墓葬37座、溝道1條等，經(jīng)中國(guó)社會(huì)科學(xué)院考古研究所C14測(cè)定，其年代為3210±90年。這表明，早在4000多年前的母系氏族公社原始社會(huì)晚期，我們的遠(yuǎn)古先民已在元謀群體定居、馴化動(dòng)物、種植稻麥、發(fā)展農(nóng)業(yè)，過(guò)著原始的群居生活。

先秦時(shí)期：唐虞時(shí)屬介南交昧谷，夏禹時(shí)為梁州外境。周、春秋屬百濮地，戰(zhàn)國(guó)改屬滇地。漢元鼎六年（前111年），元謀北部設(shè)三絳縣（今姜驛），屬越嶲郡，為西南最早納入中原王朝的郡縣之一；南部屬益州郡弄棟縣。東漢改三絳縣三縫縣，蜀漢復(fù)名三絳縣。

魏晉南北朝時(shí)期：西晉時(shí)東、南、西部屬寧州，北部并入會(huì)無(wú)縣（今會(huì)理）。東晉時(shí)金沙江南屬建都郡，江北屬越嶲郡會(huì)無(wú)縣。

唐宋時(shí)期：唐武德四年（621年）元謀南部設(shè)甘泉縣，武德七年（621年）置西豫州，貞觀三年（629年）改為縻州，轄磨豫（今老城）、七部（今江邊）二縣。貞觀二十三年（649年）設(shè)縻州都督府，轄縻、望（今祿豐廣通以北）、謻羅（今祿豐羅次以北）三州。麟德元年（664年）裁縻州都督府（西移到姚安設(shè)姚州都督府），磨豫、七部，二縣并入戎州都督府。

南詔至宋大理國(guó)時(shí)期，南部設(shè)華竹部，隸威楚府；金沙江以北屬絳部（今姜驛），隸會(huì)川都督府（今會(huì)理）。

元明時(shí)期：1279年土司廣哀改華竹部為元謀縣，治五甸(今老城)，“元謀”首現(xiàn)《元史》并一直沿用至今。明洪武十五年（1382年）屬武定軍民府，嘉靖年間改土設(shè)流，區(qū)劃由五甸改五里。

清至民國(guó)：清乾隆年間屬武定直隸州，轄6鄉(xiāng)241村。光緒四年（1878年）縣署遷馬街（今元馬鎮(zhèn)）。民國(guó)初屬滇中道，1918年為武定縣姜驛分縣，1947年屬第八行政督查區(qū)。

中華人民共和國(guó)成立后：1950年解放，屬武定專區(qū)。1953年并入楚雄專區(qū)。1958年與武定合并，次年恢復(fù)縣制。1984年設(shè)2鎮(zhèn)10區(qū)，1988年調(diào)整為11鄉(xiāng)2鎮(zhèn)。2005年鄉(xiāng)鎮(zhèn)合并后形成3鎮(zhèn)7鄉(xiāng)格局（元馬、黃瓜園、羊街3鎮(zhèn)及老城等7鄉(xiāng)）。